根據對隨機對照試驗的薈萃分析，不同種類的益生菌有希望用于抗菌素暴露引起的腹瀉的治療。

    在4月的《美國胃腸病學雜志》（Am J Gastroenterol 2006;101:812-822）上，美國華盛頓大學的Lynne V. McFarland博士指出，腹瀉是抗菌素使用的常見并發癥。由抗菌素誘導的艱難梭狀芽胞桿菌病是腹瀉和結腸炎醫院內爆發的主要原因。為了獲得益生菌使用是幫助抑制這些疾病的更多信息，McFarland博士檢查了31項已發表的、涉及3100多名受試者的相關研究的數據。

    綜合結果顯示，在25個試驗中，使用益生菌可顯著降低抗菌素相關性腹瀉的可能（相關風險0.42）。另外6項試驗顯示，使用益生菌對艱難梭狀芽胞桿菌病有類似的抵抗效應（相對風險0.59）。進一步的分析顯示，非致病性酵母菌和鼠李糖乳桿菌GG以及益生菌混合物可顯著降低抗菌素相關性腹瀉的發生。然而，只有非致病性酵母菌抵抗艱難梭狀芽胞桿菌病有效。

    McFarland博士呼吁進行更廣泛的研究，但是指出益生菌使用似乎顯著降低抗菌素相關疾病的發生率。她總結說，有益的微生物可為標準治療提供一種安全的替代。