審計署審計長李金華6月27日向十屆全國人大常委會第二十二次會議作關于2005年度中央預算執行的審計工作報告時說，新型農村合作醫療制度作為我國完善農村公共衛生體制的一項新舉措，對于推進社會主義新農村建設具有重要作用。對新型農村合作醫療基金的審計調查發現，目前存在兩個方面問題，一定程度上影響新型農村合作醫療制度的健康發展。
　
一些地方醫療費報銷比例偏低，影響農民受益程度。審計調查的20個縣（市、區）中，中西部15個縣（市、區）農民醫療費報銷比例平均為29.2％，低于東部5個縣（市、區）14個百分點。而截至2004年底，這15個縣（市、區）合作醫療基金結余1.19億元，占基金收入的50.6％。造成這一現象的主要原因是，國家對合作醫療報銷比例沒有具體規定，中西部地區合作醫療基金規模較小，一些地方擔心基金超支。一些地方對外出農民工醫療費報銷限制較多，導致農民工參加合作醫療比例較低。
　　
鄉村衛生機構醫療條件普遍較差，農民就醫質量得不到保障。截至2004年底，中西部15個縣（市、區）鄉村兩級醫療衛生機構擁有的醫療設備總值僅占這些縣（市、區）全部醫療設備總值的17.7％，且多數設備陳舊老化。如抽查27個鄉鎮衛生院，其270臺醫療設備中，75％超過規定使用年限；抽查8個鄉鎮衛生院，其房屋73％是危房。醫護人員也嚴重不足。抽查19所鄉鎮衛生院，醫護人員編制265人，實際僅有179人，其中8所衛生院沒有婦產科大夫，兩所沒有內科大夫，7所沒有外科手術大夫，15所沒有專職護理人員，12所沒有藥劑師，8所沒有化驗檢驗員。這種狀況使一些患病農民不得不遠赴城市求醫，加重了負擔。同時，一些地方尚未推行醫療衛生機構藥品集中采購，導致一些合作醫療定點機構藥品購銷價格偏高。