目前，安徽省正在對現有的血防管理體制進行改革，目標是將血防機構整體納入當地的疾病控制體系和醫療體系之中。目前，安徽省衛生廳、省編辦、省人事廳、省財政廳已經形成了相關的指導意見。
                           
在一些血吸蟲病疫區，基層血防機構和醫療機構并存，造成“誰也活不好，誰也死不掉”的低水平維持局面，在浪費寶貴醫療資源的同時，影響了血防工作的開展。據悉，安徽省改革血吸蟲病防治機構的目的是建立高效精干、防治有力、管理有序、反應迅速的血吸蟲病預防和控制隊伍。改革的主要任務是將血防行政管理和監督執法職能納入衛生行政部門統一管理；將血防工作納入疾病預防控制體系；將血防機構的預防控制職能并入同級疾病預防控制中心；將血防機構的專科醫院及住院部與醫療機構整合，保留一定數量的血吸蟲病專科醫院，按照區域衛生規劃統籌配置醫療資源。
                           
安徽省近年來還加強了血防機構的基礎設施建設，制定了全省血防機構建設標準和基本建設專項規劃。從今年起，每年安排350萬元用于基層血防機構基本建設；去年和今年還安排了220萬元用于基層血防機構購置交通工具，630萬元用于血防機構購置設備；在中央補助公共衛生經費中還安排了價值476萬元的B超儀、滅螺機、衛星定位儀、解剖鏡、顯微鏡等設備用于血吸蟲病防治工作。